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自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。 毫无抵抗之力，眼睁睁看着母亲成为巨人的饵食，发誓将巨人一个不剩地从世上驱逐的艾伦。 但，在残酷战斗的途中，他自己也变成了巨人的姿态——。 为了夺回人类的自由而驱使巨人之力的艾伦，在席纳之墙的史托黑斯区与“女巨人”交锋…
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为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们！
