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故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”,宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路,为了夺回宙域,地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F,潜入Thunderbolt宙域,向狙击手发起了挑战。
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在剧中的世界里,因为发生「第三次流砂现象」导致东京的一部分沉入泥泞下。为了快速重建复 甦,企业发明一种高出力强化外骨骼「Willware」方便施工;但是相反地,利用 Willware 的犯罪行为也日益增加……为了有效遏止 Willware 犯罪事件,有一群充满正义感又热血的少年少女警察,尽管被死板的法律条文与长官人情所束缚,却仍然愿意以无比的智慧…